Yonaguni là điểm cực tây của Nhật Bản và là điểm cách đều giữa Ishigaki và Đài Loan. Tại Mũi Irizaki (tiếng Yonaguni: Irinzati) ở cưc]j tây của hòn đảo, có một bia kỉ niệm ghi dòng chữ: "Điểm cực tây tại Nhật Bản."
Một phần ba diện tích hòn đảo không thuộc Vùng Nhận dạng phòng không hay vùng thông tin hàng không của Nhật Bản; thay vào đó, khu vực này thuộc vùng Nhận dạng phòng không và vùng thông tin hàng không của Đài Loan.
Khoảng cách giữa Yonaguni và Hoa Liên, Đài Loan là 111 km (69 mi) và gần hơn cả tới Ishigaki, với khoảng cách 118 km (73 mi). Theo một sự so sánh lớn hơn, Yonaguni gần với thủ đô của Đài Loan (Đài Bắc) với khoảng 160 km (100 mi) hơn rất nhiều so với thủ đô (Tokyo), với 2.000 km (1.250 mi). Do vậy nên có nhiều nỗ lực để hòn đảo có nhiều mối liên hệ hơn với Đài Loan, bao gồm cố gắng để thiết lập một hình thức thuận lợi hơn để đi và đến các thành phố của Đài Loan, hiện đường bay không thường xuyên đến Hoa Liên đã được khai thác.
